6月16日，郑军在镇江水域大败清军，攻克瓜州，22日又大破来自南京的援军，一举拿下镇江府城。占领瓜州、镇江之后，南京就近在咫尺了。此时此刻，南京城内兵力严重不足，让清军以有限的兵力防守周围广大的南京城垣，简直就如同痴人说梦。郑成功只需亲率主力登陆，顺陆路直趋南京城下，以迅雷不及掩耳之势火速攻城，定能一战而功成。因为瓜州溃军只用一两天就逃回了南京。这说明郑军也可以走同样的路线，在相近的时间内推进到南京城下。
2月8日，在岛上几千名汉人的协助下，郑军数千将士成功登陆。随后，大批战舰抵达热兰遮与赤嵌这两大城堡之间的海湾，随时准备攻城。
当时，荷兰在台湾的总兵力不过一千多人，却拥有装备精良的巨型战舰四艘。荷兰人试图一举击溃立足未稳的郑军，于是四舰齐发，凭借优势火力向郑军猛攻。郑军虽然火力稍逊，但船只众多，也就采取了四面围攻荷舰之策，经过激战，英勇无畏的郑军大获全胜，荷军旗舰赫克托号被一举击沉。
与此同时，郑成功的登陆部队也在台湾水线尾一带，击溃了贝德尔上尉率领的荷兰精兵。贝德尔以为，一阵排枪响过之后，中国人定回屁滚尿流。没料到郑军士兵迎着枪林弹雨勇猛冲杀，吓得荷军自己屁滚尿流，从此坚守城堡，再也不敢出城应战。应该指出的是，郑成功从严治军，虽然逼反了一些将领，却也练成了一支能征善战之师。
郑军切断了海陆交通，包围了岛上所有城堡，再次采用了“围城待降”的战术。这回，郑成功成功了。正所谓“此一时也，彼一时也”——时过境迁，情况就不同了：南京之败，实败于孤军深入，还要围城待降，以致于腹背受敌。而台湾之战则不同，郑军登岛将士多达数万，而荷军只剩下几百人，他们远离本土，很难盼到援军。唯一一支援军也因为看到郑军势大而知难而退。那么，堡内弹尽粮绝的殖民军也就只有一个选择了，那就是——投降。
这次，郑成功那“遇事独断于心，极其刚毅”的个性，帮助他获得了胜利。他的努力，客观上为维护国家领土的完整作出了贡献。而他“从严练兵”的举措以及“用法严峻，果于诛杀”的秉性，也使麾下将士在面对拥有先进武器的荷军时，始终保持着强大的战斗力，让荷军将士从此改变了歧视中国人的观念。
收复台湾之后，郑成功开始着手将台、澎经营为抗清基地。他见台湾地广人稀，土地利用率低，就命令手下将士前往指定地点，开荒屯种。为了促进开发，郑成功还命令把全军将士及官员的家属接来台湾，这本是一件好事。
然而，郑成功未免操之过急，他颁下了强行迁家令。将士们多为福建人，有恋乡心理也是可以理解的。郑成功完全可以在垦荒、建房取得进展的情况下，鼓励属下及其家属渐次迁台。而且，开荒屯田阶段，条件肯定十分艰苦，也应给予垦荒将士更多的关怀。可是，郑成功急于求成，立令过严，“犯者虽亲信亦无赦”。弄得人人自危。正因为看到了这一点，大将马信才诚恳地向郑成功建议：“立国之初，宜用宽典”。可郑成功哪里听得进去，他依旧一意孤行，一再滥用重刑。府尹杨朝栋仅犯了“小斗散粮”之错(其实也不算什么错，这是军粮奇缺时的无奈之举)，郑成功竟然将杨家满门抄斩。这实在是太过分了，“于是人心惶惶，诸将解体”。
倏然间，谣言开始散布。有人传言，镇守南澳岛的陈豹将军因为不愿送家眷入台，试图降清。郑成功未经核实，就派遣大军去平叛。陈豹无以自明，只好降清。
紧接着，又发生了金门守军联合抗拒“搬眷入台”命令的事件。金门从此不发一船至台湾。
在气急败坏之中，一件让郑成功气上加气的家庭丑闻传扬开来。他那留守厦门的儿子郑经，竟与自己四弟的奶妈通奸，还生了一个儿子。这类事在豪门大族之中本无足轻重、屡见不鲜。可郑经在向父亲报告时，竟然谎称侍妾生子。让郑成功为自己年近不惑，就平添“弄孙之禧”高兴了好一阵，郑成功为此还曾大赏住在厦门的家人。不料，郑经的原配夫人是前明兵部尚书唐显悦的孙女，唐氏虽然温良贤淑，却与郑经感情不合。唐显悦知道此事后，很为孙女鸣不平，就写信给郑成功大加声讨：儿子干了不道德的事还给予赏赐，“此治家不正，安能治国乎?”这句话可谓是锋芒毕露，直刺郑成功的痛处。郑成功阅信，顿时气塞胸膛，盛怒之下，他下令，让族兄郑泰去厦门责问自己的妻子董氏治家不严之罪，并严令速斩“董氏、郑经及其私生子与乳母陈氏”四人。镇守厦门的众将领闻讯，都大惊失色：“郑帅怎么连自己的发妻与世子也要杀呢?”于是，他们力图大事化小，就联名上书请斩“陈氏及所生婴儿”二人，以图保住董氏与郑经。可郑成功决不通融，他非杀自己的老婆与儿子不可，并解下佩剑，命大将黄毓前往监斩。
守卫金门、厦门的众将领情急之下，再次抗拒命令，不仅不杀，而且同下决心——片帆不往台湾。
