使用微波炉加热或烹调食品，既快又卫生，能在无火、无烟、无挥发异味的净化状态下进行，所烹调的各种荤、素菜和各式糕点，分秒之间即可做成，并且色香味具佳。但曾有人质疑，微波炉烹饪会使食物中的的营养大量流失。湖南大学食品营养与工程学院翟军教授表示：“营养物质流失的多少跟加热的时间有很大关系。”与家庭日常使用的炒、煮、炖等烹饪方式相比，微波炉是快速地加热，温度高，烹饪时间较短。不但不会破坏营养，反而有助于营养物质的保留。相比之下，炒、煮、炖等烹饪方式对营养的破坏反而更多。
有报道称，美国食品和药品管理局也认为，和传统烹调方式相比，用微波炉烹饪并不会使食物中的营养损失得更多。相反的，用微波炉加热饭菜由于热得快，并且不用加水，食物中的维生素和矿物质保留得更多。原因是，微波照射到生物体上，一部分被反射回去，一部分被吸收，因为微波的穿透力大，不仅可使皮肤表面“加热”，而且还可使深部组织“加热”；而且微波炉里的微波经过设计，使食物能尽快吸收，因而食物也不会被污染或成为辐射物。
对于微波炉会改变食物性质的说法，翟军认为，微波炉的原理是将电能转化成热能，而食物只是简单地从微波炉中接收热量，只要按照说明书上的要求来加热，绝对不会发生性质的改变。当然，微波炉加热也忌时间过长，否则容易导致食物水分流失，影响口感。翟军强调，微波炉只是加热食物中的水分子，食物本身并没有发生化学变化，所以，更不可能产生致癌物。普通食物的加热是从外到内逐步实现的，使用微波炉加热食物，热量是直接均匀进入食物内部的，所以微波炉的加热速度非常快。“因为加热食物的方式不同，会造成微波炉做出的食物口感不如传统做法做出的食物，或者说只是不习惯。”盖武志说。
